«BrainShaker. Юниоры» — это знакомый посетителям ИЦАЭ командный интеллектуальный турнир BrainShaker, только для школьников. В юниорской версии он включает пять туров, справиться с которыми помогают знания о массовой культуре и из разных научных областей.
В первом и втором туре игрокам нужно было ответить на 15 вопросов. В третьем — команды играют в «Хронограф», где участникам необходимо восстановить хронологическую последовательность событий из мира науки. В четвёртом раунде «Кто я?» командам нужно определить, от лица какого учёного обращается к зрителям автор вопроса. Вопросы пятого тура звучат из разных уголков России — их задают популяризаторы науки, учёные, а также команды сети ИЦАЭ.